Las Líneas de Aplicación y Generación del Conocimiento (LGAC) son un vínculo para fortalecer las actividades de investigación y docencia partiendo de las especialidades de cada uno de los miembros del Núcleo Académico Básico.

El interés común es generar conocimiento sobre paisajes, territorios, regiones y espacios resultantes de la organización socioeconómica, de las acciones y valoraciones de los grupos del poder, la cultura y las relaciones sociedad-ambiente natural, es decir de la continuada interacción humana con su entorno. Caben aquí los estudios en ambientes urbanos, rurales, en transición, que además pueden investigarse como una síntesis biocultural.

Los alumnos toman posición de las líneas de acuerdo a su tema de investigación y a la línea que ocupan sus directores de tesis. Al mismo tiempo son un medio de difusión y publicación de distintas investigaciones conjuntas entre miembros de la línea.